本发明涉及一种密闭式全自动消毒咽拭子采样收集装置,包括升降装置,消毒装置,采样装置,运输装置以及自动上料装置;升降装置通过剪叉机构完成对人员高度的调节,以适配各种身高的人群;消毒装置通过酒精消毒与紫外线消毒的结合,完成全面消毒,尽可能避免交叉感染;采样机构包括支撑架,旋转平台,前后运动滑轨,偏心轮机构以及数字成像摄像头组成;运输装置通过滑轨组合,对已采样样本拭子头进行截取并且收集入试管和人员数据录入,同时完成对试管的运输和摆放。自动上料装置可以完成对空试管的上料和装满样本的试管的堆放打包工作。上述技术方案中提供的自动咽拭子采样机,能有效解决咽拭子采样全自动化采集以及采样过程中交叉感染的问题。